CRIPSRi notað til að skoða erfðamengi baktería

Þeir sem láta sig vís­indi varða hafa varla orðið var­huga af CRISPR/Cas erfða­breyt­inga­tækn­inni sem und­an­farið hefur verið „sætasta stelpan á ball­inu“ í hópnum aðferðir í sam­einda­líf­fræði.

CRISPR er upp­runnið í bakt­er­íum en með sam­ein­ingu hár­ná­kvæmrar þátta­pör­unnar og núk­le­asa­virkni kerf­is­ins ásamt DNA við­gerð­ar­ferlum spen­dýra­frumna varð til erfða­breyt­inga­tól sem er mun nákvæmara og skil­virkara en þau sem við höfum áður notað.

Aðferðin hefur notið ákveð­innar sér­stöðu. Má þá t.d. telja að mat­væla­eft­ir­lit Banda­ríkj­anna til­kynnti á síð­asta ári að erfða­breyt­ingar sem unnar eru á mat­vælum, þar sem CIRSPR aðferðin er notuð, lúta ekki jafn ströngum reglu­gerðum og önnur erfða­breytt mat­væli.

Þróun með CRISPR aðferð­ina hafa nú leitt hana aftur til upp­runans, í bakt­er­í­urnar. CRISPRi, sem stendur fyrir „clustered reg­ulated interspaced palindromic repeats interference“, er tól þar sem CRISPR er nýtt til að hindra tján­ingu á ákveðnum genum.

Vegna þess hve nákvæm þátta­pörun CRISPR flókans er við mark-erfða­efnið, þóttu vís­inda­mönnum í Kali­forníu við hæfi að nýta aðferð­ina til að hindra tján­ingu gena. Hindr­unin fer ein­fald­lega þannig fram að CRISPR flók­inn situr á erfða­efn­inu svo pró­tínin sem sjá um tján­ingu gen­anna (umrit­un­ar­þætt­irnir) kom­ast ekki að.

Þessi nýja aðferð hentar t.d. mjög vel þegar ein­tökin tvö af gen­inu sem eru til staðar í tví­litna frumu (eitt frá móður og eitt frá föður) eru mis­mun­andi. Þá er hægt að nýta CRISPRi til að þagga tján­ing­una á öðru gen­inu og sjá hvaða áhrif það hefur.

Rann­sókn­ar­hópur við Uni­versity of Wisconsin-Madison nýtti aðferð­ina nýlega til að skoða hvaða gen það eru sem bakt­er­íur nýta sér til að verj­ast sýkla­lyfjum. Hópurinn byggði sér gena­safn sem hann gat svo prófað á fjöl­mörgum bakt­er­íu­stofnum, bæði bakt­er­íum sem valda sýk­ingum og þeim sem gera það ekki.

Hópurinn gerir sér vonir um að geta nýtt þá þekk­ingu sem skap­ast í slíkum til­raunum til að þróa betri sýkla­lyf þegar við skiljum betur hvaða þætti bakt­er­í­urnar nýta sér þegar með­höndlun með sýkla­lyfjum á sér stað.

Fréttin birt­ist fyrst á Hvatinn.is