Þótt Helgi Magn­ús­son, sem á dög­unum keypti helm­ings­hlut í Frétta­blað­inu, neiti því að hann hygg­ist hafa afskipti af rit­stjórn­ar­stefnu Frétta­blaðs­ins og seg­ist ekki munu beita eig­enda­valdi sínu til að hafa áhrif á umfjöll­un­ar­efni blaðs­ins, þá hefur eig­enda­valdi ítrekað verið beitt til að hafa áhrif á rit­stjórn­ar­legt sjálf­stæði Frétta­blaðs­ins í gegnum tíð­ina. Um það hafa fyrr­ver­andi blaða­menn og rit­stjórar vitnað.

Árið 2002 eign­að­ist Jón Ásgeir Jóhann­es­son Frétta­blaðið í gegnum félag sitt Baug, án þess að greint væri frá eign­ar­hald­inu fyrr en árið eftir. Blaða­menn hafa greint frá því að þá þegar hafi Jón Ásgeir hafið afskipti af frétta­flutn­ingi sem honum hugn­að­ist ekki. Þannig greindi Sigurður Hólm Gunn­ars­son, sem vann sem blaða­maður á Vísi, frá því að honum hefði verið fyr­ir­skipað að taka úr birt­ingu frétt um ásak­anir Jóns Geralds Sul­len­bergers á hendur Jóni Ásgeiri. Hann hafi neitað því en engu að síður hefði fréttin …